Sinyalemen adanya deep state di tubuh pemerintahan Prabowo-Gibran parnah diungkap oleh Menteri PU Dody Hanggodo. Ia menganalogikan deep state seperti rayap di dalam kayu. Dody mengaku menemukan oknum di kementeriannya, termasuk sosok setingkat Dirjen, yang berani mengabaikan arahan pimpinan, diduga kebal hukum, dan bermain mata dalam proyek pembangunan strategis.

Selain Dody, Menteri ESDM Bahlil Lahadalia juga pernah menyebut adanya kelompok di jajaran kementeriannya yang sudah merasa nyaman, menolak perubahan, dan menghambat target-target strategis negara.

Yang teranyar, Menhan Sjafrie Sjamsoeddin secara lugas menyebtukan adanya deep state di pemerintahan Prabowo-Gibran dan menyebut para aktor penggerak deep state ini sebagai "musuh dalam selimut". Mereka tidak menginginkan birokrasi Indonesia menjadi kuat.